Die frühesten Quellen bezeugen ihn als Maler unter Johann von Bayern von 1422-24. Als dieser 1425 stirbt, wurde Jan van Eyck "Kammerherr" Herzog Philipps des Guten von Burgund, in dessen Diensten er bis zu seinem eigenen Tod 1441 blieb. Jan erhielt diesen Titel, da ein offizielles Hofmaleramt gegen die Statuten der Malergilde Gents verstossen hätte, die selbst der Herzog respektierte.1435 erhält Jan von Philipp eine lebenslange Pension, andere erhaltene Zahlungen belegen seine aussergewöhnliche Stellung als Maler.

Ungesichert ist das Geburtsdatum. Überliefert ist das Jahr 1370, er wird als zu früh angesehen, denn aufgrund des Ruhmes, den er genoss, ist es unwahrscheinlich, dass aus der Zeit vor 1436, der Vollendung des Genter Altars, kein gesichertes Werk von ihm erhalten ist. Die meisten Forscher nehmen die Zeit um 1390 als Geburtsjahr an.

Aufgrund der Quellenlage ist eine Chronologie seiner Werke schwer zu erstellen. Viele seiner Bilder werden unterschiedlich datiert.

Erstaunlich ist, dass der Genter Altar das erste gesicherte Werk ist und bereits einen ausgebildeten Stil zeigt. Jan hat später seine Werke datiert und signiert, was von zeitgleichen Malern nicht bekannt ist. Sein Motto "als ich kann" (so gut ich kann) unter einigen Bildern,das Bescheidenheit ebenso wie Stolz ausdrückt, lässt bereits auf ein neues Bewusstsein des Künstlers schliessen, welches sich allmählich durchsetzen wird.

Der Genter Altar fand seit seiner Fertigstellung Bewunderung durch die Zeitgenossen und wird vor allem im 16. Jahrhundert seines Stils wegen sehr geschätzt. Im selben Zeitraum wird der Altar wegen seiner inhaltlichen Bedeutung im Zuge der Reformation das Ziel der Bilderstürmerbewegung und muss in Sicherheit gebracht werden. Im 18. Jahrhundert beginnt die Geschichte der Teilung des Altarensembles.